При Годунове в Кремле был сооружён водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки по подземелью на Конюшенный двор. Строились и новые крепостные укрепления. В 1584-91 годах под руководством зодчего Федора Савельева по прозвищу Конь были возведены стены Белого города протяженностью 9 км . Стены и 29 башен Белого города были сложены из известняка, обложены кирпичом и оштукатурены. В 1592 году на месте современного Садового кольца была построена еще одна линия укреплений, деревянно-земляная, прозванная за быстроту постройки «Скородомом» .
Летом 1591 года крымский хан Казы-Гирей с полуторасоттысячным войском подошел к Москве, однако, оказавшись у стен новой мощной крепости и под прицелом многочисленных пушек, штурмовать ее не решился. В мелких стычках с русскими отряды хана постоянно терпели поражения; это вынудило его отступить, бросив обоз. По дороге на юг, в крымские степи, войско хана понесло большие потери от преследовавших его русских полков. За победу над Казы-Гиреем Борис Годунов получил наибольшее вознаграждение из
Годунов стремился облегчить положение посадских людей. По его решению торговцы и ремесленники, проживавшие в «белых» слободах (частновладельческих, плативших подати крупным феодалам) , были причислены к населению «черных» слобод (плативших налог — «тягло» — государству) . При этом размер «тягла» , взимавшегося со слободы в целом, был оставлен прежним, а доля отдельного горожанина в нем уменьшилась.
Хозяйственный кризис 1570-х — начала 1580-х годов заставил пойти на установление крепостной зависимости. 24 ноября 1597 года был издан указ об «урочных летах» , согласно которому крестьяне, бежавшие от господ «до нынешнего… году за пять лет» подлежали сыску, суду и возвращению «назад, где кто жил» . На бежавших шесть лет назад и ранее указ не распространялся, их прежним владельцам не возвращали.
Причины смуты - 1.Годунов не был "природным царем". Множество более знатных боярских родов, особенно Шуйские, были крайне недовольны тем, что он их "обошел". Они плели интриги, распускали слухи, будоражили "чернь". 2 Три срашных голодных года подряд, 1601-1603. Урожай сгнил на корню. Ударили ранние морозы. Цены на хлеб выросли более, чем в 100 раз. От голода только в Москве умерло 127 тыс. чел. В народе это воспринималось, как "кара господня" за "неправедного царя". 3. закрепощение крестьян вызывало их ожесточенное сопротивление, например восстание Хлопка (1602-1603г.).