Моллюски трехслойные, как правило, двусторонне-симметричные. Тело состоит из туловища, головы и ноги. На голове расположены глаза, органы осязания – щупальца.Нога – мускулистый вырост брюшной стенки тела, на котором моллюск ползает (может исчезать у малоподвижных и сидячих форм). В туловище располагаются органы моллюска. Тело моллюска снаружи покрыто кожной складкой – мантией (характерная особенность моллюсков). Мантия имеет множество желез, благодаря чему тело постоянно увлажнено, также ее эпителий выделяет известковую раковину – органическую пассивную защиту. Раковина состоит из 3-ех слоев – органического, известкового и перламутрового.
У некоторых групп моллюсков раковина погружена под кожу (слизни, головоногие моллюски) или исчезает совсем (паразитические формы).
Между туловищем и мантией расположена мантийная полость, в которой расположены органы дыхания, анальное, выделительное и половое отверстия. Во внутреннем строении моллюсков характерно заполнение пространства паренхимой (отсюда и название – мягкотелые).
Пищеварительная система состоит из радулы (роговых крючковидных выростов стенок глотки для размельчения пищи), глотки, куда открываются протоки слюнных желез, желудка, переходящего в среднюю кишку и протоков печени, участвующих в переваривании пищи. Способы добычи пищи разнообразны: у подвижных форм это хищничество (головоногие, некоторые брюхоногие), у малоподвижных – питание частями растений с помощью терки (брюхоногие), либо фильтрационным способом (двустворчатые).
Органами дыхания являются жабры (видоизмененные участки мантии, имеющие вид лепестков; влажная стенка мантии пронизана многочисленными кровеносными сосудами, осуществляющими обмен газов) или легкие (обособленные участки мантийной полости, сообщающиеся с воздушной средой через дыхательное отверстие, запираемое кольцевым сфинктером). Для вентиляции легочной полости моллюски, живущие в воде, периодически поднимаются к ее поверхности.
Нервная система – узлового типа, состоит из ганглий (нервных узлов), расположенных в голове, ноге и жабрах. Узлы соединены между собой нервными тяжами. Кровеносная система незамкнутая, центральный орган – сердце, у большинства видов состоящее из одного желудочка и одного-двух предсердий (реже три-четыре). Орган выделения –нефридии (почка). Один конец ее обращен в околосердечную сумку, другой открывается в мантийную полость, куда выводятся продукты выделения. Органы чувств у моллюсков развиты по-разному, наиболее хорошо у головоногих. Это химическое чувство, чувства обоняния, осязания и др. Специализированная мускулатура приводит в движение ногу и раковину, кожно-мускульного мешка нет. В основном это гладкая мускулатура, у головоногих – поперечная.