Родился около 1530 года. Происхождение Гермогена остаётся предметом споров. Есть мнения, что он из рода Шуйских, либо из Голицыных, либо незнатного происхождения.[3] Возможно, он происходил из Донских казаков.[4][5] Ещё подростком ушёл в Казань и поступил в Спасо-Преображенский монастырь, где его религиозные взгляды укрепились. Первые достоверные известия о Гермогене относятся ко времени его служения священником в Казани в конце 1570-х годов. В 1580-х годах был священником в Казани при Гостинодворской церкви святителя Николая Чудотворца. По отзывам современников, священник Ермолай уже тогда был «муж зело премудростью украшенный, в книжном учении изящный и в чистоте жития известный».[4] В 1579 году совершилось явление чудотворной Казанской иконы Божией Матери. Будучи ещё священником, он, с благословения тогдашнего Казанского архиерея Иеремии, переносил новоявленную икону с места обретения в церковь, где служил священником. В 1587 году, после смерти жены, имя которой история не сохранила, постригся в монахи в Чудовом монастыре в Москве.