Во внутренней политике Борис Федорович стремился к стабилизации положения в стране и улучшению жизни народа в годы неурожая. Он организовывал раздачу хлеба из царских запасов, давал работу народу и наказывал за спекуляцию продовольствием. Также он пытался ликвидировать культурную отсталость России. С этой целью он приглашал на службу в страну иноземных ученых и отправлял боярских детей в Европу на учебу.