На различных участках по-разному:
река пересекает скалистые гряды и образует многочисленные пороги и водопады с общим падением 670 м; пройдя далее впадину озера Кьога, река на сравнительно коротком участке имеет падение 400 м (водопады Мерчисон и др. ) и впадает в озеро Мобуту-Сесе-Секо (Альберт) . Из озера вытекает р. Альберт-Нил, принимающая справа р. Асва; она течёт в пределах плато, а затем прорывается узким ущельем Нимуле через скалистый барьер и выходит на равнины Судана. Ниже г. Джуба река на протяжении 900 км (до г. Малакаль) пересекает заболоченный район Сэдд, где на большей части своего течения называется Бахр-эль-Джебель. Русло реки здесь загромождено массами из водорослей и папируса (называется "сэдд"), и поток с трудом преодолевает этот район, теряя до 2/3 своих вод на испарение, питание водной растительности, заполнение впадин. Соединившись с р. Эль-Газаль, река получает название Белый Нил (или Бахр-эль-Абьяд) , выходит из области Сэдд, принимает справа р. Собат, почти вдвое увеличивающую его водность; далее Н. спокойно течёт в широкой долине по полупустынной местности вплоть до Хартума. От ущелья Нимуле до этого города (около 1800 км) падение реки составляет около 80 м; у Хартума в Белый Нил вливает свои воды р. Голубой Нил, вытекающая из озера Тана. Отсюда и до устья река именуется Н. Падение её между Хартумом и Асуаном (около 1850 км) составляет примерно 290 м. Ниже устья последнего крупного притока р. Атбара Н. вступает в пределы Нубийской пустыни. Пересекая цепи низких гор, Н. делает большую излучину; на отдельных участках его долины на поверхность выходят кристаллические породы, чем и объясняется наличие в русле Н. 6 известных порогов (т. н. катарактов) , являвшихся до постройки Высотной Асуанской плотины (см. Асуанские плотины) большим препятствием для судоходства.
От Асуана до Каира (900 км) уклон мал и река течёт в широкой (до 20—25 км) долине. В 20 км от Каира начинается дельта Н. площадь 22—24 тыс. км2 (по разным данным) с многочисленными рукавами и озёрами, простирающаяся вдоль морского побережья от Александрии до Порт-Саида на расстоянии около 260 км. Русло Н. делится здесь на 9 больших и значительное количество малых рукавов; главные судоходные рукава — Думьят (Дамьетта; восточный) и Рашид (Розетта; западный) — имеют длину около 200 км каждый. Через канал Ибрахимия и рукав Юсуф часть нильских вод поступает в оз. Биркет-Карун и на орошение оазиса Файюм. Через канал Исмаилия снабжается пресной нильской водой район Суэцкого канала, через канал Махмудия — г. Александрия и его окрестности. В северной части дельты — лагунные озёра Мензала, Буруллус, Марьют.