Из-за разнообразия рельефа климатические условия на территории Перу весьма различны. В прибрежной полосе температура круглый год держится в пределах 16-25°С при очень низкой влажности — осадков выпадает не более 200 мм в год на севере и около 100 мм — на юге. В горных районах, на высотах до 3500 м, климат умеренный, температура зимой (с июня по октябрь) составляет в среднем 4-6°С, летом до 16-17°С, в долинах до 24°С. Выше начинается зона горного климата — температура зимой от 0 С до -7°С, летом +3-7°С при сильной разреженности воздуха и резких суточных колебаниях температуры (днем может доходить до +22-28°C, ночью — до -12°C). Вершины гор круглый год покрыты снегом и ледниками. Осадков выпадает не более 700 мм в год.
Восточная и северо-восточная части страны резко отличаются по погодным условиям от центра и запада — на равнинах Сельвы среднемесячная температура летом колеблется от 18 до 27°С, зимой — от 16 до 26°С. При этом осадков выпадает от 700 до 3000 мм в год с пиком в период с ноября по март.