Во главе внешнеполитического ведомства он выступил за расширение экономических и культурных связей со странами как Западной Европы, так и Востока. От соперничества с Речью Посполитой он предложил перейти к союзу с ней, направленному на борьбу с турецкой угрозой.
В области внутренней политики Ордин-Нащокин во многом опередил реформы Петра I. Он предложил сократить дворянское ополчение, увеличить число стрелецких полков, ввести в России рекрутскую повинность. Это означало постепенный переход к постоянной армии.
Ордин-Нащокин попытался ввести элементы самоуправления по европейскому образцу, передав некоторые судебные и административные функции выборным представителям посадского населения.
Стремясь к процветанию российской экономики, он отменил привилегии иностранных компаний и предоставил льготы русским купцам (эти меры были закреплены в Новоторговом уставе 1667 года) , основал ряд новых мануфактур.
По проекту Ордина-Нащокина была установлена почтовая связь между Москвой, Вильно и Ригой.
Однако многое из задуманного так и не удалось осуществить. В 1671 году Ордин-Нащокин был подвергнут опале, после чего постригся в монахи