Бактерии обитают в почве, воде, организме человека и животных.В незагрязненных почвах и водах встречается сравнительно небольшое количество сапрофитных форм бактерий, микробактерии, кокковые формы. В воде встречаются различные спорообразующие и неспорообразующие бактерии и специфические водные бактерии - водные виброны, нитчатые бактерии и др. В иле, на дне водоемов, обитают различные анаэробные бактерии.В морях и океанах обитают бактерии, растущие при высоких концентрациях солей и повышенном давлении, встречаются светящиеся виды. В загрязненных водах и почве, кроме почвенных и водных сапрофитов, в большом количестве встречаются бактерии, обитающие в организме человека и животных - энтеробактерии, клостридии и др.