Вначале писали чернилами при помощи пера (гусиного) . Затем стали писать пером металлическим, которое вставлялось в ручку для держания. Ну, а когда изобрели прибор с внутренней емкостью для чернил - назвали его авторучка. А потом "авто" отпало, и осталось "ручка".