Они различаются по строению, по их жизнедеятельности и условиям обитания, и бактерии бывают и автотрофными и гетеротрофными, а грибы это отдельное царство т.к. имеют что то общее и от растений и от животных.
Кроме того бактерии являются прокариотами и царства грибов бактерий и животных даже не относятся к одному и тому же домену.