Некоторые виды плаунов или их споры используют в медицине, при изготовлении: косметики, красок, в качестве декоративных растений. Велико значение вымерших форм плаунов в образование каменного угля, в формировании первичных почв.
Хвощи для животных ядовиты, некоторые используются в народной медицине.