Трипсин используют для изготовления лекарств. Препараты трипсина обладают противовоспалительным и противоотёчным действием (при внутривенном и внутримышечном введении); способны избирательно расщеплять ткани, подвергшиеся некрозу. В медицине трипсин применяют для лечения ран, ожогов, тромбозов, часто в сочетании с другими ферментами и с антибиотиками. Трипсин входит в состав препаратов для системной энзимотерапии - вобэнзима, флогэнзима.
В качестве лекарственного средства в медицине используются главным образом препараты тестикулярной гиалуронидазы, выделенной из семенников крупного рогатого скота. Основное применение — при заболеваниях, сопровождающихся ростом соединительной ткани, в косметологии, а также для увеличения биодоступности лекарств ивакцин. Принятый ранее в фармакологической практике термин «лидаза» («lydase») в настоящее время не рекомендован к использованию в качестве синонимагиалуронидазы [источник?].
В процедурах экстракорпорального оплодотворения раствор тестикулярной гиалуронидазы применяют для удаления слоя фолликулярных клеток, окружающихяйцеклетку. Удаление слоя фолликулярных клеток необходимо для проведения микрохирургического оплодотворения - ИКСИ [источник?].
Стрептококковая гиалуронидаза используется при диагностике стрептококковых инфекций.
В последнее время разработаны препараты, в которых пролонгирование ферментативной активности гиалуронидазы достигается путём иммобилизации фермента навысокомолекулярных носителях.
Повышенное содержание гиалуронидазы в моче используется как один из биохимических маркеров рака мочевого пузыря.