Название тут носит довольно двоякий характер, то бишь её можно рассматривать в прямом и переносном смысле.
В прямом- тоесть про сами мертвые души, крестьян, которых покупает Чичиков.
В переносном- тоесть про тех героев, которых описывает Гоголь, они мертвы в душе. Один- слишком педантичный; другой- слишком безответственный. К каждому из них трудно испытывать сострадание.