В связи с многообразием флоры и фауны цепи питания в водоеме представлены несколькими видами. Поскольку они взаимосвязаны, то некоторые составляющие одной могут быть заменены элементами из другой. Трофические цепи Байкала разделены на две – эпипелегиаль и батипелигиаль. Первая преобладает на прибрежном уровне и на участках смешивания водных слоев, вторая присуща придонной зоне.
Продуцентами (первичным звеном) выступают различные виды водорослей. Консументами первого порядка выступает эпишура. Этот вид планктонных ракообразных выступает основным потребителем фитопланктона и водорослей и является зоопланктоном. Эпишура служит пищей для следующего звена – консументов второго порядка. В эту группу входят макрогектопус (зоопланктон) и омуль на всех стадиях развития. Но если рыбы потребляют только первичных консументов, то макрогетопус потребляет еще и продуценты. В свою очередь, эти ракообразные служат едой для омуля, бычков, голомянок и других рыб. Завершающим звеном является нерпа, которая потребляет представителей предыдущего уровня.