1.Ученик знал, что надо отвечать? (произносим с вопросом только 2-е простое предложение, т.е. ученик знал тему, что из неё ему надо ответить?)
2.1.Ученик знал, что надо отвечать? (произносим с вопросительной интонацией всё предложение, т.е. ученик знает, что ему отвечать?)
Что - это союзное слово.