Это происходит из-за разницы давлений под колоколом и вне его. Дело в том, что перед тем, как выкачать воздух из-под колокола, воздух в нем бил стенки колокола внутри, а воздух снаружи бил наружные стенки. Когда воздух откачали, внутри воздух перестал бить стенки сосуда, но снаружи воздух продолжил бить стенки сосуда. Из-за этого вода стала подниматься наверх.