У форм одного и того же слова разное окончание. Например, картина, нет картины. Сначала было нулевое окончание, а потом, когда мы поставили в Р.п. оно стало -ы. Однокоренные слова могут отличаться не только окончанием и основой, но не должен меняться корень.
У некоторых словах есть одинаковый корень, но они разные по смыслу. Это надо учитывать.