Наиболее известно III Отделение Собственной Е. И. В. канцелярии. Было создано 3 (15) июня 1826 года[1], во главе стоял А. Х. Бенкендорф.
Ещё в XVIII веке существовали различные установления для специального преследования и расправы по политическим преступлениям или, как они назывались, против «первых двух пунктов». Таковы были при Петре Великом и Екатерине I Преображенский приказ и Тайная канцелярия, слившиеся потом в одно учреждение; при Анне Иоанновне и Елизавете Петровне — Канцелярия тайных розыскных дел; в конце царствования Екатерины II и при Павле I — Тайная экспедиция. При Александре I существовала Особая канцелярия, сначала при Министерстве полиции, а потом при Министерстве внутренних дел. Учреждения эти от времени до времени то смягчались в своей форме, то совершенно отменялись, как, напр., при Петре II и Петре III и в начале царствования Екатерины II.
В день своего рождения, 25 июня 1826 года, император Николай I подписал указ об учреждении новой должности шефа жандармов с назначением на неё начальника 2-й кирасирской дивизии, генерал-адъютанта (впоследствии графа) А. Х. Бенкендорфа, и подчинением ему всех жандармов, как состоящих при войсках (Жандармский полк), так и числившихся по Корпусу внутренней стражи (Жандармские команды). А Высочайшим указом от 3 июля того же года Особая канцелярия министра внутренних дел была преобразована в самостоятельное учреждение, под названием Третьего Отделения Собственной Е. И. В. канцелярии, отданное под главное начальство того же Бенкендорфа. Таким образом, высшая полиция и жандармская часть соединялись под начальством одного лица. В основании Отделения сыграли важную роль, с одной стороны, политические события того времени (и прежде всего восстание декабристов), а с другой — убеждение императора в могуществе административных воздействий не только на государственную, но и на общественную жизнь.
А. Х. Бенкендорф
Круг ведения нового учреждения был определён так: «1) Все распоряжения и известия по всем вообще случаям высшей полиции; 2) Сведения о числе существующих в государстве сект и расколов; 3) Известия об открытиях по фальшивым ассигнациям, монетам, штемпелям, документам и пр. коих разыскание и дальнейшее производство остаются в зависимости министров: финансов и внутренних дел; 4) Сведения подробные о всех людях, под надзором полиции состоящих, равно и все по сему предметы распоряжения; 5) Высылка и размещение людей подозрительных и вредных; 6) Заведывание наблюдательное и хозяйственное всех мест заключения, в коих заключаются государственные преступники; 7) Все постановления и распоряжения об иностранцах. в России проживающих, в пределы государства прибывающих и из оного выезжающих; 8) Ведомости о всех без исключения происшествиях; 9) Статистические сведения, до полиции относящиеся».
III Отделение занималось сыском и следствием по политическим делам, осуществляло цензуру, боролось со старообрядчеством и сектантством, расследовало дела о жестоком обращении помещиков с крестьянами и т. д.
Отделение подразделялось на экспедиции. Первоначально было 4 экспедиции; в 1828 году была введена должность цензора, в 1842 году учреждена V (цензурная) экспедиция. Личный состав Третьего Отделения в 1826 году был определён в 16 человек, в 1829 году усилен до 20 человек, в 1841 году — до 28. В 1839 году организация III Отделения получила более сложный вид, вследствие присоединения к нему Корпуса жандармов, причем оба управления подчинялись генералу Л. В. Дубельту, с именованием его «начальником штаба Корпуса жандармов и управляющим III Отделением». При отделении была особая юрисконсультская часть.
Граф А. Х. Бенкендорф оставался главным начальником Отделения до самой своей смерти (15 сентября 1844 года); преемником его был князь Алексей Фёдорович Орлов (с 17 сентября 1844 года по 5 апреля 1856 года).