На переднем конце удлиненного тела ланцетника располагается предротовая воронка окруженная осязательными щупальцами . Почти все тело окружено непарной плавниковой складкой: по дорсальной стороне тела тянется невысокий спинной плавник задний конец тела окаймлен более широким хвостовым плавником, напоминающим по форме медицинский ланцет (отсюда и название животного). Хвостовой плавник на брюшной стороне переходит в подхвостовой плавник , заканчивающийся примерно на уровне задней трети тела ланцетника. В этом месте располагается особое отверстие — атриопор , сообщающее атриальную полость с внешней средой. От атриопора к предротовой воронке по границе между брюшной и боковыми поверхностями тела идут парные метаплевральные складки. Позади атриопора, недалеко от заднего конца тела ланцетника, находится заднепроходное (анальное) отверстие.
Кожный покров. Тело ланцетника покрыто однослойным эпидермисом , который подстилается студенистым соединительнотканным слоем кожи — кориумом, или кутисом