В мае 1896 года Новороссийск становится центром новоиспеченной Черноморской губернии. Это была самая миниатюрная губерния Российской империи. На момент образования в ней проживало всего-то 57,5 тысяч человек.
Новороссийск сыграл заметную роль в истории Гражданской войны 1918-1920.
18 июня 1918 года в Новороссийской бухте были затоплены своим экипажем корабли российского Черноморского флота, предпочитавшего эту участь позорной сдаче немецкому войску.
26 августа 1918 года в город вошли части Добровольческой армии Военным губернатором был назначен полковник А.П. Кутепов. 4 января 1920 года Верховный Правитель России адмирал А.В. Колчак передал свои полномочия генералу А.И. Деникину. С этого дня Новороссийск, место пребывания Правительства при Верховном Главнокомандующем Вооружёнными Силами Юга России.
27 марта 1920 года в Новороссийск вступили части Красной Армии.