Мезозойская эра включает три периода – триасовый, юрский и меловой. В триасовый период господствующее положение занимали голосеменные и пресмыкающиеся. Важным ароморфозом голосеменных было появление покрытого оболочками семени с запасом питательных веществ. Это обеспечивало зародыш питанием и защищало от неблагоприятных условий среды. Яйцеклетка развивалась внутри семязачатка и была защищена от воздействия неблагоприятных факторов внешней среды. Важным ароморфозом пресмыкающихся было: внутреннее оплодотворение, плотные оболочки с запасом питательных веществ в яйце, роговые покровы тела, более совершенными дыхательной и кровеносной системами. В триасовый период появились первые примитивные млекопитающие. Ароморфозы обусловившие их появление , это- четырехкамерное сердце, появление волосяного покрова, теплокровность, развитие нервной системы, особенно больших полушарий и коры головного мозга, живорождение и выкармливание детенышей молоком. В конце юрского и начале мелового периодов появились первые предки птиц . В дальнейшем эволюцию и распространение птиц обусловили следующие ароморфозы: появление четырехкамерного сердца и теплокровности, перьев, более развитой нервной системы (увеличение размеров больших полушарий и появление коры головного мозга), увеличение запасов питательных веществ в яйце и формирование известковой оболочки. В меловой период появились первые покрытосеменные растения.