Основные принципы селекции животных не отличаются от принципов селекции растений. Новые породы животных получают на основе наследственной изменчивости путем искусственного отбора. Однако селекция животных имеет и некоторые особенности, вытекающие из природы организма животного: животные, имеющие хозяйственное значение, размножаются только половым способом; половая зрелость у них наступает относительно поздно; самки приносят немногочисленное потомство, что затрудняет и замедляет процесс селекции.
При селекционной работе с животными важное значение имеет учет экстерьерных признаков. Под экстерьером понимают совокупность наружных форм животных, их телосложение и соотношение частей тела. Разные породы животных неодинаково реагируют на изменения внешних условий. Так, у мясных пород крупного рогатого скота улучшение питания прежде всего сказывается на увеличении массы тела, а у молочных — на повышении удоя.
Исторически первым этапом в селекции животных следует считать их приручение, которое было в основном закончено 5 — 6 тыс. лет назад. Одомашнивание резко повышает изменчивость организмов и создает благоприятные условия для искусственного отбора. Приручение животных происходит и в настоящее время, например разведение пушных зверей в неволе.
Перед началом селекционной работы ставится определенная конечная цель, исходя из которой совершается подбор родительских пар. В подборе производителей важно учитывать их родословные, в которых должны быть отмечены экстерьерные особенности и продуктивность в течение ряда поколений. Скрещивание является основным способом получения разнообразия исходного материала при работе с животными.
Применяют, как правило, два типа скрещивания: неродственное (аутбридинг) и родственное (инбридинг).
Аутбридинг — скрещивание между особями одной или разных пород — при строгом отборе приводит к поддержанию свойств или улучшению их в ряду поколений гибридов.
Инбридинг — скрещивание особей одного поколения или родителей и потомства — применяется в том случае, когда хотят перевести большинство генов в гомозиготное состояние. При этом происходит закрепление хозяйственно ценных признаков. Однако при инбридинге часто наблюдается ослабление животных, уменьшение устойчивости к воздействию внешних факторов и заболеваниям. Чтобы этого избежать, проводят строгий отбор особей, обладающих нужными хозяйственными признаками. При селекционной работе близкородственное скрещивание обычно является лишь одним из этапов улучшения породы. За ним следует скрещивание разных линий, что переводит большинство генов в гетерозиготное состояние, при котором проявляется гетерозис (гибридная сила). Гетерозис широко используется в животноводстве и птицеводстве. Примером эффективного применения гетерозиса является выведение бройлерных цыплят.
При селекции домашних животных очень важно определить наследственные качества самцов по признакам, которые у них непосредственно не проявляются, например по количеству молока и жирномолочности у быков или яйценоскости у петухов. Для этого используется метод определения качества производителей по потомству. От производителя получают немногочисленное потомство и сравнивают его продуктивность с продуктивностью матерей и средней продуктивностью породы. Если продуктивность дочерей выше, чем матерей, то это говорит о большой ценности производителя, которого используют для дальнейшего улучшения породы. От хорошего самца можно получить большое потомство с помощью искусственного осеменения. В последнее время эмбрионы ценных пород крупного рогатого скота получают в искусственных условиях, а затем вводят их в матку беспородных животных для дальнейшего развития. Таким способом удается значительно ускорить селекционную работу.
Ценные породы домашних животных получены академиком М. Ф. Ивановым. Например, белая украинская свинья получена в результате скрещивания маток местной породы с хряком английской белой и с последующим жестким отбором. Им же создана порода овец асканийский рамбулье с очень высоким настригом первоклассной шерсти. Высокой молочной продуктивностью характеризуется костромская порода крупного рогатого скота: до 15 — 16 тыс. л молока в год.
Наряду с внутривидовой гибридизацией в животноводстве применяется и отдаленная гибридизация. Межвидовые гибриды животных, как и растений, в большинстве случаев бесплодны. С глубокой древности человек использует мула (гибрид кобылы с ослом). Мулы очень выносливы, обладают большой физической силой, значительной продолжительностью жизни, т. е. у них проявляется гетерозис. Однако мулы бесплодны. В Казахстане в результате гибридизации тонкорунных овец с диким горным бараном архаром выведена новая порода тонкорунных овец — архаромеринос. Ведутся работы по гибридизации яка с крупным рогатым скотом. У этих гибридов самцы бесплодны, а самки плодовиты. Это открывает возможности скрещивания их с исходными видами с целью получения новой породы скота.