Расстояния между молекулами воздуха многократно больше чем сами молекулы(точных цифр не знаю, но это можно посчитать). То есть бОльшую часть объема комнаты занимает пустота, в которой есть огромное количество "пузырьков" - то есть шариков, объем которых мы считаем за объем молекул, так как они примерно совпадают. Понятно, что сумма этих объемов меньше чем объем всей комнаты.