После провала путча ГКЧП в августе 1991 года, указами Президента РСФСР Б. Н. Ельцина деятельность партии на территории РСФСР была приостановлена, её имущество конфисковано. Указом от 6 ноября 1991 года деятельность КПСС была прекращена, ее организационная структура — распущена.
В ноябре 1992 года Конституционный суд России принял постановление по «делу КПСС» . Суд посчитал не соответствующими Конституции предписание Президента провести расследование фактов антиконституционной деятельности КП РСФСР и национализации собственности КПСС. Конституционными были признаны приостановка деятельности органов и организаций КП РСФСР и роспуск руководящих структур КПСС и КП РСФСР (но не оргструктур первичных парторганизаций, образованных по территориальному принципу) .
Преемники КПСС
Ряд организационных структур КПСС не признал законность запрета и отказался его исполнять, практически продолжая действовать нелегально.
Наиболее крупной из организаций-наследниц КПСС является Союз коммунистических партий — Коммунистическая партия Советского Союза. 26-27 марта 1993 года в Москве состоялся съезд партии, объявленный XXIX съездом КПСС, участники которого объявили о преобразовании КПСС в СКП-КПСС. Лидером партии стал бывший член ГКЧП и ЦК ВЛКСМ Олег Шенин.
Кроме того, в 1990-е годы были созданы ещё несколько партий под названием КПСС и ВКПБ. По состоянию на 2 июня 2009 года ни одна из «КПСС» и «ВКПБ» не зарегистрирована Министерством юстиции Российской Федерации.
Организационная структура КПСС в РСФСР стала базой для создания Коммунистической партии Российской Федерации.
В начале XXI века КПРФ и СКП-КПСС имели ряд существенных разногласий, руководители СКП-КПСС в 2001 году подвергали критике Геннадия Зюганова и других лидеров КПРФ.