В процессе макроэволюции происходят более масштабные преобразования, - из видов образуются новые роды, из родов - новые семейства и т. д. В процессе микроэволюции же изменения приводят к образованию новых популяций, подвидов, видов, а новых родов и семейств и т. д. (более крупных таксономических единиц) не образуется. То есть, макроэволюция происходит на более крупном уровне. В процессе микроэволюции происходят изменения внутри вида, а изменения в процессе макроэволюции надвидовые. Процесс макроэволюции растянут во времени, в отличие от микроэволюции, когда образование новых подвидов и видов может происходить в короткие сроки. В результате микроэволюции происходят изменения относительно уже имеющихся структур, органов, систем, в результате макроэволюции же возникают совершенно новые структурные единицы, органы, системы органов, которых не было ранее. Поэтому отличия макро- от микроэволюции качественные.