Является ли предложение "Двое ребят шли трое суток, а лосята трое часов" сложным...

Да, является.
Двое ребят - подлежащее, шли - сказуемое. Это первая грамматическая основа.
Лосята - подлежащее, сказуемое пропущено, это прием в русском языке, дабы избежать повторов. Это вторая грамматическая основа.