Во время смуты в 1606 году он принял сан патриарха. Он был ярым противником семибоярщины и не желал прихода к власти польского короля Владислава Сигизмундовича. Он позволил это соглашение только при условии, что король примет православие и выведет войска из России. После того, как эти условия не были соблюдены он стал обращаться к русскому народу, призывая его к борьбе с интервенцией. Он благословил оба ополчения.