Мальчик остается в монастыре, под присмотром старого монаха. Он выздоравливает, но сначала дичится окружающих. Проходит время, и всем кажется, что Мцыри привык к плену и уже готовится принять монашеский обет.
Но это только так кажется - во время грозы юноша исчезает. Его ищут и находят истерзанного на третий день поисков, приносят в монастырь, но лечиться Мцыри отказывается. Пере смертью к нему приходит воспитатель-чернец - выслушать исповедь. Вся дальнейшая часть поэмы - это рассказ молодого человека, лишенного родины, родителей, веры отцов, но не забывшего всего этого и бредившего побегом. С целью, если не вернуться туда, то хотя бы глотнуть воздуха и свободы и увидеть жизнь за стенами монастыря.