во-первых, 4 положения клеточной теории Шлейдена и Шванна никто не отменял
во-вторых, клетка - наименьшая структурная, функциональная и генетическая единица живого. Самое главное доказательство - клетка может являться целостным организмом (например, эвглена, инфузория). Поэтому она и ЦЕЛОСТНАЯ система. А система - потому, что состоит из меньших структурных компонентов - органоидов, которые, в свою очередь, состоят из биомолекул.