Вступив на престол, новый господарь занялся укреплением страны. Он совершил несколько военных походов в Польшу. Грозя занять спорные территории, он вынудил Польшу заключить мирный договор. Стефан продолжил выплачивать дань туркам, занявшись внутренними проблемами княжества.
Он ограничил влияние бояр и стал выкупать у них земли. С теми из них, кто проявлял недовольство, он поступал сурово. Так, известен случай, когда были казнены 40 бояр (20 «великих» и 20 «малых»). Крестьяне получили статус «вольных», что повлияло на усиление армии, так как крепостные не имели право служить в армии. Армия при Стефане была значительно улучшена и преобразована. Господарь и тут ограничил власть бояр, сделав так, что костяк армии подчинялся непосредственно ему. Были созданы артиллерийские части из иностранных наёмников. Было построено множество новых крепостей и укреплены уже существовавшие.
Письменные источники свидетельствуют о развитии земледелия, животноводства, виноградарства и пчеловодства. В господарских грамотах и торговых привилегиях часто упоминаются продукты рыболовства. Увеличение объёма земледельческой продукции требовало создания условий для реализации излишек. В городах Молдавского княжества были организованы торги, привлекавшие иностранных купцов. Были возрождены великие торговые пути, что привело к экономическому подъёму и расцвету городов. Развивалась транзитная торговля, приносившая выгоду стране посредством взимания таможенных сборов и платы за проезд по некоторым дорогам. Во времена Стефана развивались и ремёсла. Были распространены добыча и обработка металла, оружейное дело, гончарство, ткачество и др. Господарские грамоты свидетельствуют о добыче в стране
различных руд. Большинство соляных копей находилось в предгорных зонах по течениям рек Молдова, Бистрица, по верхнему течению Прута.
Стефан Великий проводил жёсткую финансовую политику. Он выпустил две серии монет: гроши (грошь) и полугроши (жумэтате де грошь), которые чеканились на монетном дворе в Сучаве в 1457—1476 и 1480—1504 гг. из серебра высокой пробы.
Согласно найденным венецианским документам, во времена Стефана Великого молдавский флот присутствовал в Средиземном море и плавал в Венецию и Геную.