Массовое применение ядохимикатов в последние годы в лесном и сельском хозяйстве приводит к уменьшению кормовой базы, а часто вместе с насекомыми, которыми питаются рукокрылые, гибнут и сами летучие мыши. Создавшееся положение привело в последние десятилетия к резкому сокращению численности летучих мышей, что вызывает тревогу за судьбу этих полезных животных. Теперь для сохранения этого отряда млекопитающих необходимо принимать срочные меры. Практически защита и привлечение летучих мышей должны идти в двух направлениях: в направлении охраны самих животных, а также в охране уже существующих и сооружении новых благоприятных убежищ. Для достижения первой цели нужно законодательными актами включить рукокрылых в круг особо охраняемых животных, уничтожение и преследование которых категорически и повсеместно запрещено законом. Этому способствует внесение многих видов рукокрылых в Красные книги – региональные и государственные.Ещё важнее вторая задача – сохранение уже существующих заселённых убежищ, особенно зимних. По результатам исследований форты, находящиеся в окрестностях г. Калининграда, являются самыми важными местами зимовок рукокрылых в Калининградской области, а поэтому должны быть признаны локальными охраняемыми объектами и доступ, а также всякая деятельность человека в зимний период там должны быть прекращены, как это было сделано в соседней Литве в отношении подземелий Каунасской крепости. Недопустимо тревожить рукокрылых на зимовке. Должны охраняться и некоторые другие убежища, населяемые рукокрылыми, особенно выводковыми колониями. Рубку старых дуплистых деревьев необходимо проводить выборочно, исходя из существующих условий, оставляя рукокрылым – дуплогнёздникам достаточное количество укрытий.Что касается привлечения летучих мышей и создания для них благоприятных условий, то исходя из настоящих знаний образа жизни отдельных, биологически резко отличающихся друг от друга видов, предложить какой-либо конкретный план мероприятий сложно. Из используемых в других странах методов можно предложить развешивание по опушкам и просекам молодых лесов специальных дуплянок различной конструкции, организацию на чердаках и под карнизами домов укрытий для синантропных видов летучих мышей. Особенное внимание необходимо обратить на весьма доступное и не требующее больших затрат улучшение уже имеющихся заброшенных подземных сооружений человека и естественных укрытий. Небольшая модернизация их может привести к тому, что будут созданы благоприятные условия для обитания рукокрылых (Racey P. A., 1992).При дальнейшем более тщательном изучении образа жизни летучих мышей появятся и новые методы по сохранению их видового разнообразия и увеличению численности.