Батыс Алтай мемлекеттік табиғи қорығы Кенді Алтайдың солтүстік-батыс бөлігінде Шығыс Қазақстан облысының Риддер (Лениногор), Зырян, Глубокое (Орталық кеңсе-үй-жайы Глубокое ауданының Риддер қаласында орналасқан) аудандарының аумағында Поперечное ауылының оңтүстік-шығысында табиғатты пайдаланудан алынып қойылған жерлерде орналасқан. Батыс Алтай қорығының аудандастырылуы Оңтүстік-Cібір тау елдерінің Алтай провинциясына жатады. Қорықтың ландшафтық кешеніне Иванов (2800 м), Холзун (2500 м), Көксін (2300 м), Тигирецк (2300 м), Линейск (1600 м), Уба (2067 м), Үлбі (2000 м) жоталарының таулы жер бедерлерінің бөлігі қосылады.