1) в папки и подпапки) Есть и другие более редкие варианты типа тегов, альбомов, но это нужны специальные программы
2) если программа работает, то она находится в оперативной памяти. Если она не работает, то соответственно ничего не может поменять
3) Вообще компьютер это система и быстродействие может зависеть от многих факторов. Для чистой системы важны объем оперативной памяти RAM, тактовая частота процесора, кол-во ядер и пр. Для каждой отдельной операции важны свои отдельные параметры.