В первичной структуре белка наиболее прочные связи между соседними пептидами - ковалентные.
Вторичная структура образуется благодаря водородным связям между пептидными связями, расположенными на соседних витках спирали белковой нити (между NH- и СО- группами), которые слабее ковалентной. Связи, поддерживающие третичную структуру, еще слабее водородных. Они называются гидрофобными (между неполярными молекулами или неполярными радикалами аминокислот).