Будучи глубоко верующим человеком, Александр III, поставил православную церковь в исключительное доминирующее положение. Православие стало значимым инструментом для внедрения политики русификации. Религии, которые противостояли догматике православия, оглашались незаконными, а их адепты были подданы жестоким гонениям.
Главными идейными врагами русского православия считались многочисленные секты, которые не редко основывались на искаженных христианских учениях. По приказу императора, начиная с 1885 года, у родителей, которые были приверженцами сектантских учений, насильственно отбирали детей.
Калмыкам и бурятам, которые в своем большинстве исповедовали буддизм, было запрещено строить культовые сооружения и проводить обряды. Массовое насильственное обращение в православие проводилось на территориях Прибалтики, Польши и Финляндии.
Некоторые национальные православные церкви, преимущественно Кавказского региона, были русифицированы. Язычники и мусульмане Средней Азии, Сибири и Поволжья были полностью лишены социальной защиты. За период правления Александра III в православную веру было обращено более 700 тыс. иноверцев.