Виды плаунов используют как лекарственные, красильные, косметические и декоративные растения. В научной медицине применяют споры (обычно плауна булавовидного) — прежде в России их называли ликоподий, илиплаунное семя — для приготовления детских присыпок, пересыпания пилюль. Споры содержат до 50 % жирного невысыхающего масла, алкалоиды,фенольные кислоты, белки, сахара, минеральные соли. Наравне со спорами этого вида используют споры плаунов годичного и сплюснутого[2]. Заготовку спор производят в конце лета — начале осени, после пожелтения спороносных колосков. Колоски срезают ножницами или острым ножом, обычно в сырую погоду, складывая в мешочки из плотной ткани, затем высушивают на открытом воздухе и просеивают через мелкое сито для отделения спор. В народной медицинеспоры плаунов применяют как заживляющее средство для засыпки ран,ожогов, обморожений, при экземах,фурункулах, лишаях, рожистых воспалениях. Стебли используют при заболеваниях мочевого пузыря, печени,дыхательных органов, при недержании мочи, болях в желудке, при геморрое,диспепсиях и ревматизме.
Побеги плауна-баранца применяются какрвотное, слабительное средство, для лечения хронического алкоголизма итабакокурения. Всё растение плауна-баранца содержит ядовитый алкалоидселягин, поэтому лечение должно проводиться под наблюдением врача. Вветеринарии применяют плауны сплюснутый и баранец, для леченияпоноса у коров. Отвар из побегов имеет также и инсектицидное действие, им моют животных (коров, коней, овец, свиней) для защиты от паразитов. В косметологииплауны применяют при фурункулёзе и против облысения. Споры также применяют в металлургии для обсыпания форм при фасонном литье — при сгорании их образуется слой газов, препятствующих прилипанию изделия и придающих металлу гладкую поверхность. Впиротехнике споры иногда добавляют в составы бенгальских огней. Играл важную роль в В Пещном действе. Стебли всех видов плауна дают синюю краску, пригодную для окрашивания тканей.