В древности имя «Афины» стояло во множественном числе — Ἀθῆναι [atʰɛ̑ːnaɪ]. В 1970 году, с отказом от кафаревусы, единственное число — Αθήνα [aˈθina] — стало официальным.
Из мифологии известно, что имя богини мудрости — Афины — город получил после спора Афины с владыкой морей Посейдоном. Известно, что первый царь Афин Кекроп (Κέκροπας), который был наполовину человеком, наполовину змеей, должен был решить, кто будет покровителем города. Два бога — Афина и Посейдон — должны были сделать подарок Кекропу, и тот, кто сделает лучший подарок, становился покровителем города.
Тогда, перед Кекропом, первым ударил своим трезубцем Посейдон, и тотчас из земли забил источник. Греция — страна жаркая, горная, вода там нужна, но она оказалась морской, солёной. После же удара Афины из земли выросло маленькое оливковое дерево. Кекроп был впечатлён подарком Афины и выбрал её в качестве покровителя города. Таким образом Афины и взяли имя великой богини. Но так как Кекроп не выбрал Посейдона, в Афинах стало не хватать воды.