Молекулярный - это два атома, связанных между собой. поскольку они уже друг с другом связаны, они менее химически активны, чем отдельный атом атомарного. атомарный стремится заполнить свой внешний электронный уровень, т.е. связаться с каким-нибудь другим атомом, стремящимся к тому же. и реагирует со всем, что попадается ему на пути. ну, или почти со всем