Эвглена зеленая имеет веретеновидную форму тела. Эктоплазма уплотнена и образует пелликулу. Эвглена передвигается с помощью жгутика, который находится на переднем конце тела. Ядро только одно. Имеется глазок с пигментом, так называемая стигма. Зеленый цвет клетке придают хлоропласты, которые являются органами фотосинтеза.
Главной особенностью является способность питаться как автотрофным так и гетеротрофным способом. Т.е на свету она фотосинтезирует, а в темноте хлоропласты деградируют и эвглена поглощает органические вещества из окружающей среды всей поверхностью клетки.