Родился Магеллан в Португалии, первые свои морские экспедиции совершил под контролем португальского короля Франсишку Алмейды. Так Магеллан участвовал в двух крупных путешествиях до того, как обошел вокруг света. В 1509-1512 годах он принимал участие в экспедиции в Индийский океан, два раза доходил до полуострова Малакка: в 1509, а также в 1511 годах.
После этого Фернан Магеллан был твердо намерен дойти до Молуккских островов (Индонезия). Но португальский король не одобрил эту экспедицию, так что Магеллан решил отправиться с тем же проектом к испанскому королю.