Физико-химическая модель дает описание химического состава геологической модели в терминах физико-химической системы. При использовании в физико-химической модели методов равновесной термодинамики она содержит термодинамические свойства образующихся соединений и необходимые для расчета термодинамических равновесий уравнения, а также - уравнения, описывающие кинетику реакций и динамику переносаљ вещества.