19 мая 1649 года Англия была провозглашена Республикой (Commonwealth). У власти встали верхушка офицерства и новые дворяне. Кромвель стал председателем Государственного совета. Его убедили принять командование экспедиционной армией в Ирландии, где укрепились роялисты. В ходе тяжелого похода, Кромвель приказывал не щадить ни детей, ни женщин, ни стариков. Его солдаты поджигали церкви, грабили и уничтожали целые села. Позднее Кромвель писал, что это массовое убийство было "справедливым Божьим судом над жалкими варварами". В результате этого завоевания треть населения Ирландии погибла, а тысячи лишенных земли ирландских крестьян были вынуждены покинуть родину. В руки англичан перешло две трети ирландской территории.