Крупнейшие реки: Нил с притоками, Нигер, Сенегал, Шари, Гамбия, Атбара, Барака, Гаш, Диндер, Рахад, Собат, Эль-Газаль (часть их полноводна только в период дождей).и др. Питание их дождевое, летне-осеннее половодье. Участки рек во впадинах заболочены. Крупнейшее озеро Судан — Чад.