1. Очень большая площадь земель окажется затопленной.
2. Возможно нарушение естественного нереста рыб, если они для этого должны подниматься по течению.
3. Меняется гидрологический режим прилегающих территорий. Возможно заболачивание. Изменение гидрологии скажется на произростании растений и т п
+ само строительство нанесет вред реке.
Но прежде всего - п1. Поэтому ГЭС имеет смысл строить только на горных реках.