Прежде всего отличаются тем, что в реках каких бы они не были размеров есть течение, в озерах его нет или оно не значительно. Происхождением и питанием вод. Соответственно различаются по этой же причине и обитателями. Вода в реках всегда более прохладная.
Озеро в виду плохой проточности вод может зацвести, заилится и превратиться в болото.
Озеро замкнутая экосистема, а реки имеют исток (начало) и впадают либо в другие реки, либо в моря.