Размножаются голосеменные только половым путем с помощью семян. Им не нужна вода для оплодотворения. Семя состоит из зародыша (зачатка спорофита) , запасающей ткани – эндосперма и семенной кожуры. У примитивных форм зародыш развивается из зиготы непосредственно при прорастании семян. Семена образуются на женской шишке из семязачатков после оплодотворения. Часто зрелые семена видоизменяются настолько, что напоминают плоды покрытосеменных, костянки или ягоды.