Публий был назначен консулом в 218 году до н. э. Он получил два легиона и флот для войны с Ганнибалом, который вторгся в Испанию[2]. Прибыв в Массилию, он узнал, что Ганнибал уже перешел Пиренеи и продвигается к Родану. Публий намеревался помешать его переправе, но задержался по какой-то причине на несколько дней и не успел этого сделать. Тогда он отправил в Испанию своего брата легата во главе двух легионов, а сам вернулся в Цизальпийскую Галлию и принял командование над двумя размещенными там легионами[3][4]. При Тицине, левом притоке Пада, Сципион вступил в битву с Ганнибалом, уже перешедшим Альпы, но был тяжело ранен и потерпел поражение. Тогда Сципион отступил за Пад и остановился в Плаценции. Вскоре туда прибыл его коллега Тиберий Семпроний Лонг и принял командование над половиной армии. Несмотря на то, что Сципион считал обстановку неблагоприятной для новых сражений с Ганнибалом, Лонг стремился покончить с противником как можно быстрее и дал ему битву при Треббии, которая также была проиграна. Сципион со своим войском отступил в Кремону[5][6][7].
В 217 году до н. э. полномочия Сципиона был продлены и он переправился в Испанию, где вел военные действия совместно с братом Кальвом. Благодаря предательству местного жителя братья завладели испанскими заложниками, которые были пленены карфагенянами и содержались в Сагунте. Им было позволено вернуться домой, вследствие чего Сципионы завоевали признательность местных племен[8][9][10]. В 216 году Сципион командовал римским флотом и затем присоединился к брату на суше и совместно с ним одержал победу над Гасдрубалом Баркой, не позволяя ему переправиться через Ибер[11][12].
В 215 году до н. э. Сципионы направили в Рим письмо с жалобой на недостаток финансирования и снабжения. Но государственная казна была пуста, поэтому подряды на поставку были сданы в долг. Сципионы освободили из карфагенской осады город Илитургис и разбили Гасдрубала под Интибилисом. Теперь практически вся Испания перешла под власть римлян[10][13].