Название город получил от реки Самара (О происхождении названия реки Самара), близ впадения которой в Волгу была поставлена крепость в 1586 году.
Ранее считалось, что в 921-922 году по пути из Багдада к булгарам Ахмед ибн Фадлан, секретарь посольства, переправился через реку Самара (Самур), о чём сделал запись в отчёте о путешествии. Но современная реконструкция маршрута посольства выявила, что ибн Фадлан в Среднем Поволжье не был, а конечная точка посольства и месторасположение ставки болгар - это село Три Протока у восточной окраины Астрахани[нет в источнике][1].
Топоним Samar зафиксирован в 1367 г. на венецианской карте Пицигано. На другой карте 1459 г., составленной итальянским монахом Фра-Мауро, также показан населенный пункт Samar. Однако, значительные неточности и даже фантастичность в изображении Среднего Поволжья на указанных картах заставляют относиться к их данным с крайней осторожностью. Точная привязка топонима Samar к какому-либо поселению на берегу Волги невозможна.