Закупоренная бутылка наполовину заполнена водой. можно ли утверждать, что в верхней части бутылки нет малекул воды
Нет, нельзя. В верней части молекулы воздуха и вылетевшие из воды (испарившиеся) молекулы воды.
*верХней