1. Недовольство индейского населения было по двум причинам: потеря национальной независимости и национального колорита (ибо испанцы насаждали непонятное им католичество, а индейские верования искореняли, хотя часть религии индейцев как бы присоединялась к католичеству и праздники типа "Fiesta de la tirana" в Чили и Перу остаются как релиозные католические с изрядной примесью индейской культуры) , вторая причина заключалась в том, что испанцы вывозили из колоний материальные ценности, грабя местное население. Но главная причина была в потере религии и культурных особенностей.
2. Индейцы сами мало что могли бы сделать, если бы молодые потомки испанских конкистадоров были бы удовлетворены политикой властей Испании. Но этого не было.
Испанские чиновники настолько боялись усиления влияния колоний (например, очень богатых природными ресурсами Чили и Перу) , что запрещали некоторые виды деятельности на этих территориях. Например, запрещали выращивать виноград и производить вино на продажу в центральной части Чили. + еще огромные материальные богатства вывозились с территорий Южной Америки, но взамен этого развитие колоний даже тормозилось.